חברת רפאל הולדינגס מחזיקה בנכסי נדל"ן מסחריים ובחברות תרופות שונות. בין היתר משקיעה החברה ברכישה וליסינג של בנייני משרדים ומתחמי חניה. בנוסף, החברה רוכשת החזקות בחברות תרופות הנמצאות בשלי פיתוח וניסויים קליניים של מוצרים תרופתיים.